キリシタン文庫所蔵の一般蔵書は、総面積約200㎡の上智大学中央図書館8階の閲覧室（824号室）に配架されています（閉架式）。
配架図書は、日本国内外のキリシタン・キリスト教史関連の和・洋書約1万2,500冊にのぼり、明治時代の古書から欧米で刊行された最新の洋書まで、キリシタン・キリスト教史関連の研究書・概説書・図鑑・事典等を網羅的に収蔵しております。
（2024年度終了時点：和書9468冊、洋書3060冊）
また、関連する雑誌や600以上の論文抜き刷り（2024年度時点・欧文含む）も所蔵されており、閲覧室設置の目録で確認・検索することができます。
さらに、キリスト教・教会史関連の新聞・パンフレット類、そして100本以上の映像資料も閲覧・視聴（於中央図書館内）することが可能です。
（2024年度終了時点：和雑誌141点、洋雑誌47点）
日本国内で唯一所蔵する日欧の文献・雑誌・論文も数多収蔵しており、大学図書と同様、複写（於中央図書館内）・貸出が可能となっております。
※ただし、複写・貸出の対象者・手続きは、文庫規定および上智大学図書館の規定に準じます。
詳細は「ご利用案内」をご確認ください。
